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申请/专利权人：山东微生茂生物科技有限公司
摘要：本发明涉及生物医药领域，具体涉及一种通过优化器‑预测器反馈回路实现抗菌肽活性和或毒性定向演化的方法。所述方法包括以下步骤：构建种子序列集，对种子序列进行突变；构建预测器，对突变前后的种子序列进行抗菌肽活性和毒性进行预测；构建目标函数F，采用遗传算法构建优化器，将构建的目标函数F作为优化器的适应度函数，计算突变前后序列的适应度函数值，对突变前后序列进行选择，决定是否保留突变序列；设置迭代次数，通过预测器‑优化器反馈回路不断循环优化，获取最优短肽序列。本发明提供了一种更为标准、可靠、完整的通过预测器‑优化器反馈回路实现抗菌肽抗菌活性、毒性的定向演化。
主权项：1.一种通过优化器-预测器反馈回路实现抗菌肽活性和或毒性定向演化的方法，其特征在于，包括以下步骤：构建种子序列集，对种子序列进行突变；构建预测器，对突变前后的种子序列进行抗菌肽活性和毒性进行预测；所述预测器包括抗菌肽预测模型、抗菌肽活性定量构效关系模型和抗菌肽毒性预测模型；利用所述的抗菌肽预测模型、抗菌肽定量构效关系模型以及抗菌肽毒性预测模型构建目标函数F： 其中，C为净电荷，H为疏水性，pm、lm为每个短肽的抗菌活性预测概率和标签，pn、ln为每个短肽的毒性预测概率和标签；采用遗传算法构建优化器，将构建的目标函数F作为优化器的适应度函数，计算突变前后序列的适应度函数值，如果那么突变后序列将替代突变前序列，作为下一次预测器—优化器反馈回路的输入；否则，突变前序列将继续进行突变操作，被输入到预测器—优化器反馈回路中继续进行优化；其中，Fo、Fn为突变前、后序列的适应度函数值，e-ΔET为选择概率；ΔE＝Fn-F0，T为参数，默认值为1；设置迭代次数，通过预测器-优化器反馈回路不断循环优化，获取最优抗菌活性和毒性平衡的短肽序列。
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百度查询： 山东微生茂生物科技有限公司 一种通过优化器-预测器反馈回路实现抗菌肽活性和/或毒性定向演化的方法
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