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一种基于未折叠蛋白反应基因与脓毒症的关联性模型 

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申请/专利权人:上海健康医学院

摘要:本发明涉及生物技术领域,公开了一种基于未折叠蛋白反应基因与脓毒症的关联性模型,该模型基于未折叠蛋白反应基因特征进行构建,未折叠蛋白反应基因为EXOSC4、EIF2AK3、CEBPB、WIPI1、EXOSC6、EXTL2和SRPRB;构建过程为:检索获得脓毒症的外周血转录组数据,得到五个独立的数据集;对实验组和对照组进行比较分析,得到儿童脓毒症与未折叠蛋白反应通路的相关性;采用支持向量机递归特征消除算法和随机森林算法筛选对儿童脓毒症的实验组和对照组的两个数据集中的关键基因,对筛选出的基因交集进行多因素逻辑回归分析,构建诊断模型;对诊断模型进行外部验证,通过绘制受试者工作特征曲线对验证结果进行展示;本发明为临床医生进行脓毒症的诊断和精准治疗提供了新的辅助工具。

主权项:1.一种基于未折叠蛋白反应基因与脓毒症的关联性模型,其特征在于,该模型的构建过程包括以下步骤:步骤1、从基因表达综合数据库中检索获得脓毒症的外周血转录组数据,得到五个独立的数据集,对五个独立的数据集进行数据预处理;步骤2、选取两个包含儿童脓毒症的外周血转录组数据的数据集,分为实验组和对照组,对实验组和对照组进行比较分析,得到儿童脓毒症与未折叠蛋白反应通路的相关性;步骤3、采用支持向量机递归特征消除算法和随机森林算法筛选对儿童脓毒症的实验组和对照组的两个数据集中的关键基因,对筛选出的基因交集进行多因素逻辑回归分析,构建诊断模型;步骤4、采用外部数据集对诊断模型进行外部验证,通过绘制受试者工作特征曲线,对验证结果进行展示。

全文数据:

权利要求:

百度查询: 上海健康医学院 一种基于未折叠蛋白反应基因与脓毒症的关联性模型

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