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申请/专利权人：四川大学华西医院
摘要：本发明属于单细胞转录组测序技术领域，具体涉及一种线粒体基因比例质控和阈值确定方法、系统及存储介质。本发明的阈值确定方法包括如下步骤：根据单细胞转录组数据矩阵计算线粒体基因表达比例；检查细胞随线粒体基因表达比例变化的分布，标记分布发生显著变化的变化点；以一个实验样本的数据为集合或以至少两个相同实验样本的数据为集合，将标记的变化点按照线粒体基因表达比例从大到小进行排列，取首个变化点对应的线粒体基因比例确定为阈值。本发明还进一步提供了利用上述阈值进行数据质控的方法。本发明能够对单细胞转录组数据进行更好的质控，为后续的生物学解释提供稳定和可靠的基础，具有很好的应用前景。
主权项：1.一种线粒体基因比例阈值确定方法，其特征在于，包括如下步骤：步骤1，根据单细胞转录组数据矩阵计算线粒体基因表达比例；所述线粒体基因表达比例的取值范围为0～1；步骤2，检查细胞随线粒体基因表达比例变化的分布，标记分布发生显著变化的变化点；判断标记分布发生显著变化的变化点的步骤包括：步骤2.1，设置滑动窗口值，从线粒体基因表达比例取值为0开始，每一次滑动窗口后，按照如下公式计算Kn：Kn＝Count1-n×bin其中，Kn表示进行第n次滑动窗口后的细胞数目，n表示滑动窗口的次数，bin表示滑动窗口值，bin取值范围为0.001-0.01，Count表示进行细胞数目计数操作；步骤2.2，比较相邻的Kn和Kn+1的细胞数目变化，将Pn值小于0.05所对应的线粒体基因表达比例值标记为发生显著变化的变化点，按照如下公式计算Pn：Pn＝[χ2Kn,Kn+1～FDR]其中，χ2为对相邻两次的细胞数目分布进行卡方检验，～FDR为对卡方检验的结果进行矫正；步骤3，以一个实验样本的数据为集合或以至少两个相同实验样本的数据为集合，将标记的变化点按照线粒体基因表达比例从大到小进行排列，取首个变化点对应的线粒体基因比例确定为阈值，用于作为后续单细胞转录组数据质控的指标。
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权利要求：
百度查询： 四川大学华西医院 线粒体基因比例质控和阈值确定方法、系统及存储介质
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