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基于多重邻近性融合的lncRNA与药物抗性关联预测方法 

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申请/专利权人:广东工业大学

摘要:本发明提供一种基于多重邻近性融合的lncRNA与药物抗性关联预测方法,包括构建lncRNA‑药物抗性关联数据集;利用k‑mers和RDKit对关联数据集进行处理;将lncRNA和药物的高级特征进行拼接处理;构建lncRNA‑药物抗性异构网络;通过元路径对lncRNA‑药物抗性异构网络进行全局结构邻近性量化,得到重构的异构网络;对lncRNA‑药物抗性异构网络进行局部结构邻近性的量化;预测lncRNA‑药物抗性潜在关联。本发明从挖掘数据的各项特性出发,利用相关方法工具量化提取数据的多重邻近性,最后融合各项特性以有效提高预测效果;本发明预测准确率高,AUC值为0.913,AUPR值为0.921。

主权项:1.基于多重邻近性融合的lncRNA与药物抗性关联预测方法,其特征在于,包括以下步骤:S1、构建lncRNA-药物抗性关联数据集R;S2、利用k-mers方法和RDKit工具分别对关联数据集R的lncRNA集合和药物集合进行处理得到相应的高级特征;S3、将lncRNA的高级特征和药物的高级特征进行拼接处理,将lncRNA和药物抗性特征数据中的特征邻近性表征在拼接的综合特征矩阵X2中;S4、构建lncRNA-药物抗性异构网络G;S5、通过元路径对lncRNA-药物抗性异构网络G进行全局结构邻近性量化,得到重构的异构网络G′;S6、对lncRNA-药物抗性异构网络G进行局部结构邻近性的量化,通过对lncRNA-药物抗性异构网络G进行深度游走,得到表征数据局部结构邻近性的特征矩阵X1;S7、预测lncRNA-药物抗性潜在关联。

全文数据:

权利要求:

百度查询: 广东工业大学 基于多重邻近性融合的lncRNA与药物抗性关联预测方法

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