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申请/专利权人：浙江大学

摘要：本发明公开了一种用于纯合多亲本高世代互交群体的QTL定位方法，包括以下步骤：1遗传效应的正交分解；2亲本来源概率矩阵的构建；3统计遗传模型的建立；4QTL定位及其遗传参数估计。与现有技术相比，本发明利用正交分解的方法将加性方差与加加上位性方差分解，提高了QTL的定位功效，降低了假阳性率；与现有不含上位性和基因与环境互作效应的MAGIC群体QTL定位和遗传参数估计模型相比，本发明提出的模型包含了加加上位性效应、环境互作效应，更符合复杂性状的遗传特征，更能有效地解析复杂性状的遗传结构；本发明提出的混合线性模型灵活性高，极易将模型和分析方法拓展到更多亲本及任意世代的MAGIC群体。

主权项：1.一种用于纯合多亲本高世代互交群体的QTL定位方法，其特征在于，包括以下步骤：1遗传效应的正交分解：根据Cockerham遗传模型将遗传总方差分解为各个遗传效应的方差分量，再结合各个效应满足的约束条件，构建两两正交的系数向量，得到纯合多亲本高世代互交群体的正交系数矩阵；所述各个遗传效应为加性和加加上位性遗传效应；2亲本来源概率矩阵的构建：利用标记间的重组信息通过马尔可夫链算法得到每个标记及标记间QTL来源于每个亲本的概率，构建亲本来源概率矩阵，结合步骤1中对应正交系数矩阵构建效应系数矩阵；3统计遗传模型的建立：大小为n的纯合多亲本高世代互交群体，在p个不同环境下进行遗传试验，目标性状的变异受s个QTL控制，简记为Q1，Q2，...，Qs，其中存在t对QTL间的互作，结合QTL遗传效应的正交分解以及马尔可夫链算法得到系数矩阵，并构建如下混合线性模型： 其中yij为第i个个体在第j个环境中的表型值，μ为群体均值；ak为Qk处正交分解后的加性效应向量作为固定效应，xki为第i个个体位于Qk处的加性效应的系数向量，xhi为第i个个体位于Qh处的加性效应的系数向量，aakh为Qk与Qh间正交分解后的加加上位性效应向量作为固定效应，ej表示第j个环境的主效应作为随机效应，aekj为Qk与环境j之间的加性与环境互作效应向量作为随机效应，aaekhj为Qk与Qh间的加加上位性与环境j的互作效应向量作为随机效应，εij为残差，代表向量的克罗内克积；得到对应系数矩阵；4QTL定位及其遗传参数估计：基于步骤3中的对应系数矩阵，在全基因组范围内进行QTL的一维及二维扫描，获得QTL及对应的遗传参数。

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