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申请/专利权人：南京农业大学
摘要：本发明公开了一种在全基因组水平鉴定植物单链DNA位点的方法，该方法利用S1核酸酶切割完整的基因组DNA，在末端脱氧核苷酸转移酶环境下使用生物素标记的dCTPdATP进行原位标记，然后用链霉亲和素富集生物素标记的ssDNA用于文库制备和测序。本发明方法不依赖于抗体，能够在全基因组水平鉴定各种类型的ssDNA位点；本发明方法所需细胞初始量少，250ngDNA即可获得有效数据；本发明的方法置于原位体系，能够准确检测研究对象的动态变化过程。本发明的整个方法流程简单，所需DNA用量范围广250ng‑5μg，可视化效果强，理论上该方法适应于多种植物。
主权项：1.一种在全基因组水平鉴定植物ssDNA位点的方法，其特征在于，利用S1核酸酶特异性作用于植物基因组DNA的单链区，并从单链部位酶切基因组DNA，回收酶切后的DNA，在末端脱氧核苷酸转移酶环境下，将具有生物素标记的dCTP和dATP核苷酸碱基连接到DNA3'末端，以标记DNA3'末端；超声打断并回收片段化的DNA，然后利用高温将含有biotin标记的双链DNA变性成为单链DNA，用链霉抗生物素蛋白的磁珠捕获并富集含有生物素标记的DNA片段，结合单链DNA文库试剂盒构建单链DNA测序文库，通过IlluminaNovaSeq测序平台配对测序，获得测序原始数据，结合生物信息学分析，在全基因水平鉴定植物ssDNA位点。
全文数据：
权利要求：
百度查询： 南京农业大学 一种在全基因组水平鉴定植物单链DNA位点的方法
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