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申请/专利权人：宁波大学
摘要：本发明公开了一种基于对虾肠道核心菌种精准设计复合益生菌的方法及其应用，特点是包括以下步骤：1采用高通量测序方法获得健康组、患病组对虾样本的肠道细菌群落组成和丰度信息；2采用SparCC法计算获得具有强相关性的健康组、患病组细菌；3通过Dowhy进行逻辑推断获得健康组、患病组的对虾肠道微生物互作网络中各菌种间因果效应值；4通过HITS算法筛选获得健康组、患病组潜在核心菌种；5通过动态调控算法确定微生物干预的最佳核心菌种组合；6根据健康对照组体内核心菌种的相对丰度设计复合益生菌的比例；优点是设计方法高效、精准，定向设计的复合益生菌能显著增强对虾的免疫能力，同时显著促进对虾的生长。
主权项：1.一种基于对虾肠道核心菌种精准设计复合益生菌的方法，其特征在于包括以下步骤：1首先采用Illumina高通量测序方法分别获得健康组对虾样本和患病组对虾样本的肠道细菌群落组成和丰度信息，每个样本的细菌数量设为m种；2采用SparCC法分别计算健康组、疾病组的每个样本肠道微生物组中某一菌种与该样本中剩余菌种m-1的相关性，在健康组中筛选显著性P≤0.01，相关性|r|0.6的细菌定义为具有强相关性的健康组细菌，在患病组中筛选显著性P≤0.01，相关性|r|0.6的细菌定义为具有强相关性的患病组细菌；3分别将步骤2获得的具有强相关性的健康组细菌和具有强相关性的患病组细菌通过Dowhy进行逻辑推断，相应获得健康组对虾肠道微生物互作网络中各菌种间因果效应值和患病组对虾肠道微生物互作网络中各菌种间因果效应值；4分别将步骤3获得的健康组、患病组的对虾肠道微生物互作网络中各菌种间因果效应值通过超链接引导主题搜索算法进行计算得到每个菌种的HITS评分值和显著性P值，筛选HITS评分值排名前100且显著性P值≤0.01的菌种，相应定义为健康组潜在核心菌种和患病组潜在核心菌种；5将步骤4获得的健康组潜在核心菌种和患病组潜在核心菌种通过动态调控算法确定微生物干预的最佳核心菌种组合；6将单个最佳核心菌种相对丰度占健康组对虾肠道所有菌种相对丰度之和的比值作为相应菌种的个体数量百分比，最终确定复合益生菌的配比。
全文数据：
权利要求：
百度查询： 宁波大学 一种基于对虾肠道核心菌种精准设计复合益生菌的方法及其应用
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