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申请/专利权人：武汉康测科技有限公司
摘要：本发明涉及基因组学和转录组学技术领域，公开了一种基于二分搜索的高效peak注释方法，包括：获取测序后的比对结果，通过macs2进行PeakCalling，得到样本的Peak结果；根据样本对应的基因组文件及数据库内拥有的文件进行判断，若数据库内存在样本对应的基因坐标文件的解析结果，则直接进行注释；否则对对应的基因坐标文件进行解析；得到六种数组后，读取Peak文件并进行注释；读取基因坐标文件的解析结果，得到其在解析结果中的索引值，随后根据索引读取注释信息，根据信息写入输出文件，完成注释。本发明优化了基因坐标文件读取的步骤，通过对基因坐标文件的序列化，解决了对于同一物种，同一基因组版本注释时需多次读取基因坐标文件的问题，降低了IO压力。
主权项：1.一种基于二分搜索的高效peak注释方法，其特征在于，包括：S1、获取测序后的比对结果，通过macs2进行PeakCalling，得到样本的Peak结果，并对结果进行格式化，以使其符合输入注释工具的格式要求；S2、根据样本对应的基因组文件及数据库内拥有的文件进行判断，若数据库内存在样本对应的基因坐标文件的解析结果，则直接进行注释，得到六种数组；否则对对应的基因坐标文件进行解析，得到所需的解析结果文件；S3、得到六种数组后，读取Peak文件并进行注释；对于每一行对应的Peak，取其起始位点和终止位点后在六种数组中分别进行查找；S4、读取基因坐标文件的解析结果，对于输入的Peak文件中的每个Peak均根据其起始和终止位点进行查找，并根据选择的不同搜索模式，得到其在解析结果中的索引值，随后根据索引读取注释信息，根据信息写入输出文件，完成注释。
全文数据：
权利要求：
百度查询： 武汉康测科技有限公司 一种基于二分搜索的高效peak注释方法
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