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申请/专利权人：杭州链康医学检验实验室有限公司

摘要：本发明公开了一种PDX模型单细胞转录组数据的分析方法、设备和介质，属于生物信息学技术领域。所述分析方法包括：将PDX模型的单细胞转录组测序数据与混合基因组库进行比对，获得细胞‑基因表达谱矩阵；根据人或小鼠基因的比例识别细胞为人细胞、小鼠细胞或双细胞；基于细胞的barcode，从所述单细胞转录组测序数据中提取细胞序列，并与来源物种的参考基因组进行对比，获得相应的细胞‑基因表达谱，可用于进行差异基因分析、功能富集分析等，获得更多的数据，为临床治疗癌症提供技术支持。进一步还可以基于整合基因序列集获得多物种的细胞‑整合基因表达谱，进一步通过细胞聚类分析，可获知人和小鼠细胞的相互作用机制。

主权项：1.一种PDX模型单细胞转录组数据的分析方法，其特征在于，包括以下步骤：S1，将获得的PDX模型的单细胞转录组测序数据与人和小鼠的混合基因组库进行比对，获得基于所述混合基因组库的细胞-基因表达谱矩阵，其中，所述混合基因组库是将人和小鼠的参考基因组文件和基因注释文件进行合并得到的；S2，根据细胞中表达人基因的比例或表达小鼠基因的比例是否大于等于第一预设阈值P1，识别细胞为人细胞、小鼠细胞或双细胞；S3，基于细胞的barcode，从所述单细胞转录组测序数据中提取识别为人细胞的序列和识别为小鼠细胞的序列；S4，将获得的人细胞的序列与人的参考基因组进行对比，并将获得的小鼠细胞的序列与小鼠的参考基因组进行比对，获得相应的细胞-基因表达谱，S5，将所述单细胞转录组测序数据与人和小鼠同源基因的整合基因序列集进行比对，获得与整合基因的比对结果；S6，基于步骤S2识别的人细胞和小鼠细胞barcode，从步骤S5得到的比对结果中获得细胞-整合基因表达谱，其中，所述同源基因的整合基因序列集基于以下步骤得到：1将人和小鼠的每个同源基因的序列进行拼接，得到每个同源基因的整合基因序列；人和小鼠的基因序列之间利用60～100个N碱基填充；根据整合基因序列，构建对应的注释文件：将同源基因作为一条独立的染色体，来自人和小鼠的同源基因序列作为2个转录本，P1的设置使得双细胞率与多细胞率的一半相差不超过5％，由下面公式计算双细胞率和多细胞率：双细胞率＝双细胞数目人细胞数目+小鼠细胞数目+双细胞数目×100％；多细胞率＝捕获的细胞数目×7.589×10-6+5.272×10-4×100％。

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