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摘要:本发明公开了一种识别环境水体样品中MIB产嗅藻种类的方法,本发明方法将水体中的细胞与丙烯酰胺反应,制成单细胞凝珠;接着进行细胞溶解处理后,再依次进行融合PCR、BlockPCR、巢式PCR反应,并对巢式PCR反应产物进行基因测序,将测序结果与NCBI数据库进行比对,获知水体中携带产MIB的mic基因的藻类的种类。本发明方法通过对mic基因及16SrRNA基因引物的选择及扩增条件的优化,建立针对MIB产嗅藻的单细胞融合PCR方法,本发明方法可以在未培养的单细胞中实现mic功能基因与系统发育基因的连接,并且通量高,成本低,能精准识别环境样品中全部产嗅藻,且可特异性地识别环境样品中产嗅藻。
主权项:1.一种识别环境水体中MIB产嗅藻种类的方法,其特征是,包括如下顺序进行的步骤:A、将环境水体水样、丙烯酰胺溶液和过硫酸铵溶液混合均匀后加入STT乳化油;接着再加入四甲基乙二胺,混合均匀,静置,丙烯酰胺进行聚合反应,生成聚丙烯酰胺,制成包裹水体中藻类细胞的聚丙烯酰胺-细胞凝珠混合液;B、对聚丙烯酰胺-细胞凝珠混合液进行纯化处理,获得聚丙烯酰胺-细胞凝珠;然后向聚丙烯酰胺-细胞凝珠加入TK缓冲液,进行重悬,并采用细胞过滤器进行过滤,制得纯化聚丙烯酰胺-细胞凝珠TK悬液;C、向纯化聚丙烯酰胺-细胞凝珠TK悬液中添加溶菌酶,溶解藻类细胞细胞壁;接着加入蛋白酶K和TritonX-100,酶解去除与核酸结合的组蛋白,使藻类细胞DNA游离,以及破坏藻类细胞细胞膜,使得藻类细胞基因组暴露在聚丙烯酰胺凝珠壳内,获得细胞溶解聚丙烯酰胺-细胞凝珠;D、以细胞溶解聚丙烯酰胺-细胞凝珠为模板进行融合PCR反应,并进行清洗处理,制得融合PCR纯化DNA;E、以融合PCR纯化DNA为模板进行BlockPCR反应,并进行清洗处理,获得BlockPCR纯化DNA;F、以BlockPCR纯化DNA为模板进行巢式PCR反应,获得巢式PCR扩增产物;G、对巢式PCR扩增产物进行基因测序,产物中融合PCR的搭桥引物和巢式反向引物之间的扩增片段为目标16SrRNA基因,即携带mic基因的蓝藻物种信息,将扩增获得的16SrRNA基因与NCBI数据库的基因组序列进行比对,获知携带产MIB的mic基因的藻类,即识别出环境水体中产MIB的蓝藻种类。
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百度查询: 中国科学院生态环境研究中心 一种识别环境水体中MIB产嗅藻种类的方法
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